Le semis du soja se fait à 3-4 cm de profondeur sur un sol bien réchauffé (au moins 10°C). C’est le réchauffement du sol et le type de variété choisie, qui déterminent la date de semis, en général fin avril - début mai avec une densité de 65 graines /m².
On sème à faible profondeur dans une terre froide ou battante, plus profondément si la terre est chaude ou si le risque de sécheresse en début de cycle végétatif est élevé.
Immédiatement avant le semis, les semences sont mélangées avec un inoculum de bactéries de façon à assurer la présence dans le sol d’un nombre suffisant de bactéries fixatrices d’azote (absentes des sols européens).
Comme toutes les légumineuses (haricots, pois, luzerne...), le soja possède des excroissances sur ses racines (les nodosités) dans lesquelles il héberge des bactéries symbiotiques. Celles-ci sont capables de fixer l’azote présent dans l'air et de le mettre à disposition de la plante.